[{outerArray:[{_id:1,innerArray:[{_id:23,name:"123"},{_id:13,name:"asdac"}]},{_id:2,innerArray:[{_id:16,name:"asf"},{_id:18,name:"asf"}]},{_id:3,innerArray:[{_id:136,name:"asf"},{_id:128,name:"asf"}]}]}]

db.collection.update({},{$pull:{"outerArray.$[].innerArray":{_id:{$in:[16]}}}})