Database

[{"key":1,friends:[{id:1,requestID:5},{id:2,requestID:4},{id:3,requestID:6}]},{"key":2,friends:[{id:1,requestID:5},{id:2,requestID:7},{id:3,requestID:8}]}]

Query

db.collection.update({},{$pull:{friends:{$or:[{id:1},{requestID:4}]}}},{multi:true})

Result