[{_id:1,my_array:[{id:2,name:"foo"},{id:3,name:"foo2"},{},{id:4,name:"foo4"},]/**more attributes*/}]

db.collection.update({"myarray":{}},[{"$set":{"my_array":{$filter:{input:"$my_array",as:"elem",cond:{$ne:[{},"$$elem"]}}}}},],{"multi":false,"upsert":false})